El gradiente altitudinal que se presenta de sur a norte en la delegación Tlalpan, así como la gran variedad de factores físicos que inciden en la zona, han ocasionado que Tlalpan sea una de las regiones con mayor diversidad biológica en toda la Cuenca de México. Así mismo, los reservorios de vegetación que hay inmiscuidos en la zona urbana, han contribuido a la permanencia de una gran variedad de especies faunísticas que actualmente se encuentran en riesgo de desaparecer por la aniquilación de sus hábitat.

El Parque Ecológico dela Ciudad de México, Ecoguardas y el predio denominado “Vistas del Pedregal” representan un refugio importante de fauna silvestre y un “puente” natural para el desplazamiento de aves que viajan desde el Ajusco Medio hasta la reserva ecológica de Ciudad Universitaria o hacia la Cañada de Contreras. Por tal motivo resulta importante la conservación y protección de estos patrimonios ecológicos.

En  estas  zonas,  ubicadas  en  Ajusco  Medio,  es  común  la  presencia  de  roedores  de  campo,  murciélagos,  conejos  ardillas, tlacuaches, zorrillos y comadrejas; aves como el azulejo, carpinteros, primaveras, gorriones mexicanos, tordos y colibríes. En cuanto  a  reptiles  y  anfibios,  aún  pueden  observarse  lagartijas  de  collar,  falsos  camaleones,  serpientes  de  cascabel,  culebras, ranas y pequeñas salamandras de tierra.

La parte alta de la Delegación, donde predominan los bosques de pino y oyamel, sirve de refugio a una buena parte de las especies  que  habitan Tlalpan:  El  Volcán  Pelado  es  una  de  las  cuatro  zonas  núcleo  donde  se  distribuye  el zacatuche  o  teporingo,  un  conejo  endémico  y  en  peligro  de  extinción.  Con  relación  a  aves  y  reptiles,  esta  zona  también  es hábitat de la víbora de cascabel y diversas especies de culebras de agua y tierra, tortugas de agua pantanosa y un lagarto que también  se  encuentra  en  peligro  de  extinción  conocido  como  escorpión.  Las  aves  más  comunes  son  el  halcón  cola  roja, lechuzas, tapacaminos, pájaros carpintero, azulejos y correcaminos.

Dos fenómenos que se han venido acrecentando en los últimos años es, por un lado, la presencia de la llamada fauna nociva, la cual está distribuida principalmente en la zona urbana, como la rata doméstica que habita en basureros, mercados y drenaje y, por el otro, las especies de fauna doméstica y de ornato, principalmente perros, gatos y aves que están en condiciones de vida libre, habitando las calles, mercados y zonas naturales.

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